Naturligt system, klassifikation, der er i overensstemmelse med naturlige slægtskabsforhold i en gruppe af planter eller dyr. Carl von Linnés seksualsystem er et eksempel på et kunstigt system, hvor planterne af praktiske grunde fordeles på klasser udelukkende i henhold til støvdragernes og griflernes antal og placering i blomsten. Allerede Linné arbejdede på et "naturligt" system, der i tidens terminologi må forstås som en klassifikation, der bedre genspejler skabelsesplanen. Efter evolutionslærens gennembrud i anden halvdel af 1800-t. defineres et system som naturligt, når det er i bedst mulig overensstemmelse med evolutionen. I en gruppe af nært beslægtede arter kan evolutionens forløb ofte afdækkes ved eksperimentel taksonomi, dvs. krydsningsforsøg, der afslører fordelingen af sterilitetsbarrierer mellem populationer. Slægtskab mellem højere systematiske enheder (familier, ordener mv.) må studeres med indirekte og mere usikre metoder, fx sammenlignende morfologi. Se også sammenlignende anatomi og systematik.