Bebyggelse og erhverv i perioden varierede betydeligt mellem de østlige og vestlige dele. Store og mellemstore landsbyer fandtes på moræneområderne længst mod øst på begge sider af fjorden. Størst var Løjt Kirkeby, Barsmark og Genner i nord og Varnæs og Bovrup i sydøst. Hertil kom Bolderslev og Kliplev ved isranden. De vestlige hedesletteområder var derimod domineret af små landsbyer. Næsten hele området oplevede dog mange gårddelinger i 1500- og 1600-tallet, hvorved gårdtallet steg betydeligt. I områdets største landsby, Varnæs, steg det fra 30 på reformationstiden til 54 i 1704. I nogle landsbyer i de vestlige dele faldt gårdtallet igen efter 1600-tallets krige.
Ud over gårddelingerne kom der et betydeligt antal huse i landsbyerne, og i Løjt Sogn og enkelte andre steder overgik antallet af huse antallet af gårde i løbet af 1700-tallet. Langs fjordens sydkyst opstod en række nybyggersamfund af småbrug, fx Styrt-om og Hostrupskov.
Områdets udskiftningshistorie er enestående. På halvøen Løjt Land begyndte bønderne allerede sidst i 1500-tallet at bytte jord og gradvis indhegne den, og her var udskiftningen stort set gennemført først i 1700-tallet. Gårdene blev liggende og fik hver et større antal indhegnede marker, så der opstod et udpræget løkkelandskab, dvs. et landskab af marker af forskellig form, omgivet af levende hegn. Det samme forekom i mindre omfang i andre landsbyer nær Aabenraa. Varnæs oplevede derimod den første danske planlagte totaludskiftning 1710‑11, hvor hele bymarken blev opdelt i 30 firkanter, hvoraf de fleste igen blev delt i to til såkaldte halvgårde. De fleste gårde blev flyttet ud, som oftest to og to sammen. De fleste andre landsbyer blev derimod først udskiftet i sidste tredjedel af 1700-tallet. Gårdene fik normalt flere parceller, og udflytning forekom næsten ikke.
Hvad angår herregårde og godser, var kommunens område også todelt. Det meste af området syd for Aabenraa og øst for Tinglev og Kruså hørte i 1725 til det store Søgård, som efterhånden fik seks store herregårde eller avlsgårde inden for kommunens område. Det fortsatte øst for kommunegrænsen, hvor godset fik sit nye hovedsæde i Gråsten i 1600-tallet. Ud over Søgård-Gråsten-komplekset var der i området kun én herregård, Skovbølgård, som også kom under Gråsten kort før år 1700. I 1725 blev godset delt i flere dele, og Søgård, Stoltelund og Skovbølgård blev selvstændige godser. De fleste af herregårdene blev helt eller delvis udstykket sidst i perioden.
De nordlige og vestlige dele af det nuværende kommuneområde samt landsbyen Varnæs hørte under de kongelige og gottorpske amter. Her var der mindre ladegårde i 1500-tallet, men de blev opgivet igen, og hoveriet afvikledes frem til 1632. Gårdene var arvelige, og der kom tydelige sociale forskelle på gård- og husmænd allerede i 1600- og 1700-tallet.
Erhvervsudviklingen i Løjt Sogn var tidligt markedsorienteret og differentieret. Den tidlige udskiftning var forbundet med studeavl og studehandel, som fremmede pengeøkonomi og kreditvæsen. Ud over det fik sognet en del lærredsvævning i 1700-tallet, men først og fremmest blev sognet tæt forbundet med søfarten i Aabenraa. I løbet af 1700-tallet kom Løjt Land til at levere en stor del af søfolkene og også en del kapital til flåden i Aabenraa.
