Ved matriklen 1688 var den nuværende Køge Kommune domineret af små og middelstore landsbyer. De fleste herregårde og enkeltgårde lå ved engområder, navnlig langs vandløbene Solrød Bæk, Køge Å og Vedskølle Å. De største landsbyer var Ølsemagle med 29 gårde, Ølby, Herfølge og Bjæverskov med hver 22 og Slimminge med 21. Der var samme år meget få huse med jord, omkring et for hver 20 gårde. Næsten ingen huse uden jord er nævnt, men nogle er måske blevet udeladt.
Ved udskiftningen ca. 1780‑1810 var et af de største spørgsmål, hvor mange gårde der skulle flytte ud fra landsbyen. Jo færre der blev liggende inde i landsbyen, jo bedre afrundet ville gårdenes jord normalt blive. Det var sværest ved de store landsbyer, for her skulle mange gårde flytte ud, ligesom det også afhang af, hvordan de enkelte ressourcer som ager, eng og mose var fordelt. Mange ville gerne have deres gårde til at blive liggende, mens nogle – og især landøkonomerne – helst ville have gårdene flyttet ud. Langs kysten nord for Køge kom dog i strandengen en del udlodder, ligesom der her opstod nogle husmandsbrug. Der blev valgt en kombination af stjerne- og blokudskiftning, således at nogle gårde blev flyttet ud. I den nordlige del var der meget regulære udskiftninger i mange byer, men flere steder opstod udlodder, fordi alle helst skulle have engjord. I den sydlige del var der allerede før udskiftningen opstået nogle huse, fx i landsbyerne Ringsbjerg, Vedskølle og Herfølge. De blev liggende, mens næsten alle gårde blev flyttet ud.
I forbindelse med udskiftningen blev mange nye husmandsbrug oprettet, og der var omkring 1810 flere husmandssteder end gårde. Herefter stilnede det af, for herregårdene udstykkede kun fra få af fæstegårdene. Kun hvor der var selveje, eller hvor Københavns Universitet ejede jord, fortsatte husmandsudstykningerne. Det gjaldt særligt i Ølsemagle og Store Ladager.
Der har været mindst 14 herregårde siden middelalderen i det nuværende kommuneområde. Kun fem stammer tilbage fra middelalderen, nemlig Svenstrup, Gammel Køgegård, Taagerød, Lidemarksgård og Jonstrup, hvoraf de tre sidste forsvandt 1694‑1743. Ved matriklen 1688 var der ni herregårde, hvoraf fem af dem kan siges at have været større. De største var Svenstrup med 78 tønder hartkorn, Spanager med 72, Rudholt med 61, Gammel Køgegård med 60 og Gammel Lellingegård med 51 tønder. Juellund blev oprettet i 1694 af Jonstrup og Herlufstrup og nåede op på 54 tønder hartkorn herregårdsjord, før den blev lagt ind under Giesegård i den nuværende Ringsted Kommune. Vallø overtog adskillige: Rudholt, Gunderup, Gammel Lellingegård og Taagerød. Frasalget af bøndergodset skete ret sent, næsten overalt efter 1850.
Der var i kommuneområdet to vandmøller og ti vindmøller. Kimmerslev Vandmølle lå ved Køge Å og dens tilløb, mens Tranemose Vandmølle lå ved Vedskølle Å. Vindmøllerne lå ved Kimmerslev og Vollerslev samt hele otte nord for Køge.
