Sankt Knuds Kloster ligger i centrum af Odense. Klosterbygningerne er sammenbygget med Sankt Knuds Kirke, der er Odenses domkirke. Bygningen huser dels kirkekontor med tilhørende mødelokaler og Historiens Hus, der er fællesbygning for Odense Stadsarkiv og Lokalhistorisk Bibliotek.
Sankt Knuds Kloster er et firefløjet anlæg med Sankt Knuds Kirke som den nordre fløj. Alle klostrets fløje er opført på fundamenter og rester efter det middelalderlige Sankt Knuds Kloster, der brændte i 1913. Anlægget omkranser en brolagt gård, der åbner sig ud mod Klosterbakken. Østfløjen består af to bygninger, nordligst ligger Konsistoriebygningen fra 1755 og mod syd en nyere fløj, der ligesom de øvrige fløje mod vest og de korte udløberfløje mod syd og nord, er opført efter branden i 1913. Umiddelbart syd for anlægget er en lille klosterhave med stisystemer og hækomkransede bede. Øst og syd for klosteranlægget er et parkområde med græsplæner ned til Odense Å.
Konsistoriebygningen er en grundmuret, ni fag lang, enetages længe med et rødt teglhængt heltag. I rygningen er en ældre skorstenspibe med sokkel og krave, og i begge tagflader er isat flere nyere, jerntagvinduer. De tre midterste fag er fremhævet i en toetages, gennemgående risalit, der øverst afsluttes af en trekantfrontispice. Den er yderligere fremhævet gennem kvaderpudsning og murede lisener. Mod gården står bygningen i gul, blank mur af flensborgsten med en pudset hovedgesims, mens den mod parken er pudset og kalket jernoxidgul. Alle muråbninger har forkrøppede indfatninger, der er pudsede mod gården og kalkede mod parken.
Hovedindgangen mod gården er en ældre, tofløjet dør med bosserede fyldinger. Indgangen er fremhævet af en svungen supraporte af puds, der indrammer Christian IVs monogram. Vinduerne er krydspostvinduer, sandsynligvis fra omkring 1913, med seks ruder i hver ramme. Dog har vinduerne i øverste etage kun fire ruder i de øverste rammer. Samtlige vinduer er malet grå. De øvrige bygninger i klosteranlægget er opført i rød, blank mur på en sokkel af granit eller kampesten. Bygningerne er kendetegnet ved kamtakkede gavle, murede hovedgesimser med kantstillede sten samt fladbuede vinduer og døre sat i spids- eller rundbuede murblændinger. I det bevarede middelalderlige murværk ses spor efter blændinger. Tagene er alle hængt med røde vingetegl, enkelte mindre tagflader er hængt med munke og nonner. I sydfløjens rygning ses en oprindelig udluftningsskorsten til bygningens centralvarmeanlæg. Tilsvarende udluftningsskorstene er integreret i de kamtakkede gavles toptakker. Dørene er lakerede egetræsdøre fra opførelsestidspunktet, heraf er nogle udført med fyldinger. Vinduerne er primært fladbuede trævinduer med blyindfattede ruder eller opsprossede med små ruder. Vinduerne er malet brune. Samtlige vinduer er fra opførelsen i 1913.
I Konsistoriebygningens indre ligger en gennemlyst sal mod nord, hvorfra der er indgang til kirken. Den midterste del har bevaret en gennemgående hovedskillevæg og er indrettet med køkken og bagtrappe mod parken, mens mindre rum og entré med hovedtrappe vender mod gården. Den sydlige del af bygningen er ligeledes optaget af en stor gennemlyst sal. Tagetagen er indrettet til mødelokaler og kontorer. Via en nyere betonspindeltrappe er der nedgang til kælderen, hvor det bevarede murværk fra det middelalderlige kloster er synligt. Gennem hele Konsistoriebygningen er primært en traditionel materialeholdning med nye bræddegulve, nyere ølandsflisegulve, ældre parketgulve, pudsede og vægge og lofter, heraf nogle med stukkatur, ældre barokdøre med tilhørende gerichter samt døre og gerichter lavet i kopi af ældre forlæg. Flere vinduer og døre sidder i dybe, fladbuede murnicher. Hovedtrappen er ny, men tilpasset bygningens traditionelle materialeholdning og barokke stiludtryk, mens bagtrappen er ældre med drejede balustre og håndliste. I tagetagen er materialeholdningen ligeledes nyere, men traditionel, og den ældre tagkonstruktion er bevaret og fremstår synlig i interiøret.
Der er indgang til den øvrige del af Sankt Knuds Kloster gennem hovedindgangen i sydfløjen, der ligger i den lave stueetage. Klostrets stueetage er primært indrettet til kontorer, arkiv, opbevaringsrum, køkken og personalerum. Disse rum har gulve med tæppebeklædning, klinkegulve eller gulve beklædt med vinyl, vægge i blankt, rødt murværk og malede murstensvægge eller pudsede vægge og lofter, hvoraf nogle lofter er beklædt med akustikplader. Enkelte lofter er udformet med brede monierlignende hvælv. Flere steder sidder vinduerne i dybe nicher og er udført med detaljerige, profilerede indfatninger og vinduesplader. De gennemlyste rum har klassisk udformede piller med base og kapitæler. Dørene er fyldingsdøre fra 1916-1919.
I klosterets første etage findes de rum, der var tænkt til brug for offentligheden, herunder hovedtrappen og de ribbehvælvede rum i østfløjens sydlige del og sydfløjen, der er optaget af den store bibliotekssal med et forhøjet bjælkeloft, der giver en ekstra stor loftshøjde til rummet. I salens vestlige ende er en balkon. Den vestlige fløj rummer ligeledes et trapperum, en forsamlingssal og en sekundær indgang. Rummene på første etage er præget af en ældre og traditionel materialeholdning med et udpræget nationalromantisk udtryk i en lidt dunkel og varm farvesætning. Træværket er primært malet mørkebrunt med malede borter i lysere farver, gelændere og lampeophæng er af detaljerigt smedejern. Flere steder er vindueslysninger og muråbninger dekoreret med malede borter. I sydfløjens store sal ses den oprindelige, brune flisebeklædning omkring det gamle centralvarmeanlægs udblæsningsriste. Enkelte af de tofløjede døre har fladbuede dørstykker af træ med udskårne tekststykker og hvid- og guldstafferet ornamentik. Væggenes malede dekorationer blev udført af maleren Jens Møller-Jensen ved bygningens opførelse.
Tagetagerne er åbne og uudnyttede og anvendes til opbevaring. Der er ældre bræddegulve og tagene er understrøgne. De oprindelige tagkonstruktioner i er ligeledes synlige. Kælderen under fløjene rummer toiletfaciliteter og opbevaringsrum, her ses også de rum og gange, hvor klostrets oprindelige centralvarmeanlæg har været installeret. Overalt i klosteranlægget er det middelalderlige murværk bevaret og inkorporeret i den nyere bygning fra 1916-1919. I dette murværk ses ældre blændinger, murstik og gemmenicher.