「ゴジュウレッド!」「ゴジュウブラック!」その呼び声は、いつも戦場で一番熱く響いた。希望の赤、アカギ・ケンと、不屈の黒、クロサキ・リキ。幼い頃から最強を目指した二人は、いつしか互いの背中を預け合う、誰よりも強い絆で結ばれていた。
しかし、彼らには秘密があった。二人は、遥か銀河の果て、全ての命の源「起源の星」の出身。地球の平和を守りきるため、その星の命を削ってゴジュウジャーの力を使い続けていたのだ。
最終決戦。宇宙支配を目論む邪神デストロイヤーとの激闘の末、ゴジュウジャーは勝利した。地球に平和が戻った。だが、代償はあまりにも大きかった。
「…もう、限界だ」アカギが変身を解除すると、その体は光の粒となって揺らめいた。「起源の星の力が、俺たちの肉体を保てなくなった…」
「ケッ、最期まで格好つけやがって、レッド」リキは笑いながらも、その瞳から一筋の涙が流れ落ちる。彼もまた、同じように光を放ち始めていた。
残されたブルー、イエロー、ピンクの三人は、絶望と悲しみに打ち震える。「行かないで!」「まだ一緒に戦える!」
アカギは優しく微笑み、後輩たちを見つめた。「お前たちなら、きっと大丈夫だ。俺たちの魂は、永遠にゴジュウジャーだ!」
リキは空を見上げ、地球の子供たちに語りかける。「俺たちが守りたかったのは、お前たちのその笑顔だ。だから、泣くんじゃねぇ! 未来は、お前たちの手の中にある!」
二人の体は、温かい黄金の光となって、夜空へ昇っていく。それは、地球の平和を確信する、まるで祝福のような光だった。
光が消えた後、残されたのは、ゴジュウジャー基地に静かに飾られた、二人の変身アイテムだけ。ちびっこたちは、涙をぬぐい、誓った。「ありがとう、レッド!ありがとう、ブラック!僕たちが、君たちの守った未来を生きるよ!」